Práce koordinátora na stavbě je stále ještě spojena s řadou problémů. Uplatňování požadavků zákona č. 309/2006 Sb., nařízení vlády č. 591/2006 Sb. a dalších předpisů, naráží na nezkušenost příslušných pracovníků a organizací, někdy na nejasnosti ve výkladu jednotlivých ustanovení, někdy na neochotu nebo předsudky spojené se zaváděním nových postupů.